События игры разворачиваются за 700 лет до "Ancient Ys Vanished" (Ys I & II), и раскрывают прошлое Ys, Darm Tower, the Black Pearl, сестер-богинь и их шести жрецов. Действия развивается вокруг трех главных персонажей - Yunica Tovah, Hugo Fact and Thor Fact, путешествующих по Darm Tower. У каждого есть свои собственные мотивы для того, чтобы подняться на башню, и только пройдя игру всеми тремя персонажами можно полностью оценить события, происходящие на экране.