Сюжет разворачивается через полгода после Fate/stay night, по-прежнему в городе Фуюки. Bazett Fraga McRemitz, член ассоциации магов, просыпается на 4ый день 5ой войны за Святой Грааль с новым слугой - Avenger-ом, и с полностью отсутствующими воспоминания о том, что было раньше. Теперь им предстоит выиграть эту войну.

Moonlit Lovers участвуют в битвах с остатками сил Eonia, во главе которых стоит генерал Резум. Затем им придется столкнуться с таинственной женщиной по имени Нефилия, которая утверждает, что является членом расы Val-Fasq.

«999» является текстовой игрой приключением, которая повествует о Джунпеи, студенте колледжа, который оказывается втянутым в смертельный заговор. Он и 9 других людей были похищены и теперь вынуждены играть в смертельной игре, а главный приз – свобода…

По прошествии девяти часов Джупей и другие похищенные утонут вместе с кораблём. Нумерология, музыкальные композиции и логические головоломки, это лишь часть из 32 препятствий стоящих на пути их свободы. Главный герой должен понять, почему всё эти девять человек оказались здесь, и главное что их ждёт дальше. 9 дверей каждого заложника имеют цифровые часы, показывающие специальный номер. Эти цифры являются ключом к разгадке 9 дверей. Джупей должны разгадать ключ, чтобы открыть следующую дверь, поднимая и осматривая предметы в различных локациях.