Действие игры происходит в вымышленном фентезийном мире, оказавшемся под угрозой уничтожения жестоким демоническом существом по имени Hadeus. Разразившася ужасная война оставила многих детей сиротами, и в том числе нашего главного героя - Might. Воспитываясь без родителей, на попечении единственного и более взрослого друга Adonis (тоже сироты), Might вырос амбициозным юношей, посвящающим много времени тренировкам в надежде стать солдатом Королевской армии. Однажды Might приходит в себя и обнаруживает, что он серьезно ранен из-за падения с утеса во время тренировок. Adonis, любивший Might больше всего на свете, использовал запретную темную магию чтобы спасти ему жизнь. Таким образом Might выжил.... но Adonis загадочным образом исчез.

И вот Might отправляется в путешествие в надежде узнать, что случилось с его любимым Adonis. В дороге он встретит большое количество прекрасных юношей - каждый из которых обладает своим неповторимым характером, и либо присоединится к нему в этом путешествии, либо станет помехой на его пути. Игрок, сделав соответствующий выбор, сможет составить пару с кем-то из этих встреченных персонажей.

Gunjo Gakuen (Deep Blue School) это заведение, предназначенное для обнаружения и изоляции учеников, получивших высокую отметку на адаптационном экзамене (Высокая отметка на это экзамене показывает, что ученик наврядли сможет ужиться в обществе), спонсируемое правительством.

После неудавшихся летних каникул с другими участниками клуба радиолюбителей Taichi Kurosu и некоторые члены других клубов вернулись в город, но обнаружили, что все живые существа в городе, за исключением членов клуба, полностью исчезли. Необходимость узнать происходящее в мире вне города заставляет Taichi собрать других членов клуба, чтобы помочь Misato Miyasumi, главе радио-клуба, который пытается настроить антенну для связи с возможными выжившими.

Переиздание - Shuffle!, включающий в себя оригинальный Shuffle! + дополнительных персонажей и соответственно дополнительные ветки сюжета для них. Добавлены персонажи: Kareha и ее младшая сестра, Mayumi, Sakura, Daisy, Benibara Nadeshiko и таинственная девушка, которая является стражем мира богов.

Сусуму и Мирай - друзья с детства. Они проводили много времени вместе, пока их родители были заняты работой и деловыми поездками. Всё бы хорошо, но однажды Мирай впала в кому...