Действие игры происходит в вымышленном фентезийном мире, оказавшемся под угрозой уничтожения жестоким демоническом существом по имени Hadeus. Разразившася ужасная война оставила многих детей сиротами, и в том числе нашего главного героя - Might. Воспитываясь без родителей, на попечении единственного и более взрослого друга Adonis (тоже сироты), Might вырос амбициозным юношей, посвящающим много времени тренировкам в надежде стать солдатом Королевской армии. Однажды Might приходит в себя и обнаруживает, что он серьезно ранен из-за падения с утеса во время тренировок. Adonis, любивший Might больше всего на свете, использовал запретную темную магию чтобы спасти ему жизнь. Таким образом Might выжил.... но Adonis загадочным образом исчез.

И вот Might отправляется в путешествие в надежде узнать, что случилось с его любимым Adonis. В дороге он встретит большое количество прекрасных юношей - каждый из которых обладает своим неповторимым характером, и либо присоединится к нему в этом путешествии, либо станет помехой на его пути. Игрок, сделав соответствующий выбор, сможет составить пару с кем-то из этих встреченных персонажей.

Gunjo Gakuen (Deep Blue School) это заведение, предназначенное для обнаружения и изоляции учеников, получивших высокую отметку на адаптационном экзамене (Высокая отметка на это экзамене показывает, что ученик наврядли сможет ужиться в обществе), спонсируемое правительством.

После неудавшихся летних каникул с другими участниками клуба радиолюбителей Taichi Kurosu и некоторые члены других клубов вернулись в город, но обнаружили, что все живые существа в городе, за исключением членов клуба, полностью исчезли. Необходимость узнать происходящее в мире вне города заставляет Taichi собрать других членов клуба, чтобы помочь Misato Miyasumi, главе радио-клуба, который пытается настроить антенну для связи с возможными выжившими.

История разворачивается вокруг главного героя Hirono Hiro, бедного школьника, который зарабатывает на жизнь рисованием сёдзё манги. Однажды, холодной рождественской ночью, после того, как он встретил в церкви очень странную и загадочную женщину, а его велосипед украла другая, не менее странная девушка. Погнавшись за ней, он вскоре нашел её лежащей на улице. Девушку зовут Miyamura Miyako и её сумка была украдена парнем на мотоцикле и, чтобы догнать его, она и схватила велосипед. С этого момента началась история этих двух молодых людей...
[Author: Alva545]

"Я просто студент, живущий обычной, бесцветной жизнью. Я учусь и работаю, каждый день у меня проходит так же, как и у всех остальных, стараясь не выделяться из толпы. Внезапно, едва я осознал это, ветер перемен ворвался в мою жизнь. Перемены в виде трех девушек, девушек, которые были рядом со мной, но которых я не замечал ранее. Они определенно не вели бесцветную жизнь, как остальные в современной Японии. Они как будто находятся "над обществом", странным образом избегая его влияния. Инстинктивно мне понятно, что я не должен связываться с ними, но прежде чем я осознал это, моя судьба была связана с ними. К чему же все это приведет?"