Yume Nikki 3D базируется на знаменитой японской инди игре Yume Nikki. Вы играете за девочку Мадоцуки, которая путешествует по миру своих снов. Ваша задача - находить ключи и новые способности ("эффекты", как они тут называются) для того, чтобы закончить игру. Мир снов довольно обширен и запутан, так что имеет смысл стараться обследовать каждый уголок. В любой момент можно "проснуться" и сохранить свою игру, используя записку на столе.

Главная героиня игры, тринадцатилетняя Виола, прогуливаясь по лесу, не может выбраться. Найдя таинственный дом, она заходит в него - и, как часто происходит в играх подобного рода, дверь захлопывается и, не имея другого выхода, приходится исследовать таинственный Дом Ведьмы. Вскоре выясняется, что смерть может поджидать в любой комнате, и поэтому игра держит геймеров в постоянном напряжении.
Атмосфера самой игры немного напоминает небезызвестную "Ib", так что её любителям придётся по душе и "Majo no Ie".

Всего в игре 4 концовки:
Bad end – то есть Game Over
Normal end
True end
Secret true end

Трудность же вызывает прохождение последней концовки, так как, чтобы её получить, нужно пройти игру без сохранений.